使用任何PCR酶均可，建议使用高保真PCR扩增酶

在保留原始In-Fusion PCR Cloning System的所有优点之外，In-Fusion HD Cloning System包含更为粗放型的In-Fusion酶，可以有效提高克隆效率，尤其是长片段、短寡核苷酸链和多片段克隆。另外，升级后In-Fusion酶不再需要稀释处理即可方便地储存在–20°C。EcoDry™冻干粉形式产品可以储存在室温条件下。

根据In-Fusion酶特殊的性质，插入片段和载体在同源序列 (15个碱基)处融合。这与一般的同源重组是有差异的，因此克隆不再有位置和空间的限制。